Бакон Шарбе (Scharbe) родился 23 февраля 1834 г. в Казани в многодетной дворянской семье. Его родителями были профессор римской словесности и древности Казанского университета Август Шарбе и его жена Эрнестина-Вильгельмина (в девичестве Гартинг). В 1837 г. глава семьи с домочадцами, переехавший четыре года назад в Россию из Пруссии, присягнул на верность российскому престолу.
В Казани юноша окончил медицинский факультет местного университета и был принят на службу – сначала врачом при Университете, затем - помощником прозектора. Именно в прозекторской, где ему приходилось заниматься вскрытием трупов, рождалась тема его будущей диссертации - «О раке, канкроиде и саркоме в анатомическом и гистологическом отношениях», которую молодой врач защитил в 1861 г.
Через год Бакон Шарбе покинул город на Волге и переехал в столицу. Здесь новоиспеченный доктор медицины получил место ординатора в Обуховской больнице. После открытия в 1866 г. на Мойке, 96 Аудиторского училища (Александровская военно-юридическая академия), готовившего военных юристов, доктор Шарбе преподавал там судебную медицину. Вместе с ним в училище инспектором классов служил его старший брат Алкуин.
Бакон Шарбе имел двух сыновей: Сергей (1871) стал профессором математики и астрономом; младший сын Борис (1873) служил военным врачом.
Успешная карьера молодого медика прервалась внезапно - 27 марта 1877 г., когда ему было всего лишь 43 года. Статский советник Бакон Августович Шарбе был похоронен на Смоленском лютеранском кладбище рядом с братьями Алкуином и Раймундом.