Юлиус Штубендорф (Julius von Stubendorff) родился 29 апреля 1811 г. в г. Пернау (ныне Пярну, Эстония) в семье купца 2-й гильдии. Учился в гимназии в Дерпте (1825–1829). В 1836 г. окончил медицинский факультет Дерптского университета с присвоением звания доктора медицины.
Служил военным врачом в Сибирских линейных батальонах (1837–1841). С 1841 г. – ординатор, позднее старший врач в Омском военном госпитале. После выхода в отставку (1844 г.) был приглашён на должность врача в Енисейск на частные золотые промыслы «Асташев и К°».
В течение нескольких лет (1844-1849) доктор Штубендорф занимался сбором растений в Саянах, Восточной Сибири и на Камчатке. Всего им было собрано более 200 видов растений. Свои ботанические коллекции д-р Штубендорф передал в Петербургский Ботанический сад.
Начиная с 1849 г. он находится на государственной службе: чиновник особых поручений Главного управления Восточной Сибири (ГУВС) от Медицинского департамента, член Совета ГУВС, управляющий отделением ГУВС. В этот же период он исполняет обязанности директора Александринского детского приюта в Иркутске.
Юлиус Штубендорф - один из основателей Сибирского отдела Русского географического общества и музея при нем. В 1851 г. он был избран Первым правителем дел Сибирского отделения ИРГО, которое открылось в Иркутске. Он первым внёс личный вклад в формирование книжного фонда библиотеки Иркутского областного краеведческого музея. В качестве натуралиста и медика он сопровождал генерал-губернатора Н.Н. Муравьёва в поездке по Сибири, во время которой вёл этнографические, архивные и ботанические исследования.
С 1857 по 1862 гг. Штубендорф занимает пост Гражданского губернатора Якутской области. В 1859 г. он заключил в Якутске договор с вождём чукотского племени Амвраургином о принятии Чукотки и её населения в подданство Российской империи. Находясь на посту губернатора, Штубендорф уделял внимание архивному делу, медицине, исследованию природных условий, приложил немало усилий к распространению огородничества и добился массового разведения картофеля и капусты в Якутии. Он является автором многих работ по этой теме.
В 1859 г. Штубендорфом была основана типография при Якутском областном правлении. Его усилиями печатаются переводы священных книг на якутском языке. А еще ранее, 19 июня 1859 г., в Троицком соборе состоялось первое богослужение на якутском языке, получившее большое признание местного населения. Губернатор интересовался жизнью простого народа и совершал частые объезды по улусам, проявляя особую заботу об исследовании Якутии, развитии здравоохранения и образования области.
В 1864 г. Юлиус Штубендорф вышел в отставку, а с 1866 г. обосновался в С.-Петербурге, где присоединился к лютеранскому приходу Св. Михаила на Васильевском острове. В 1872 г. он был избран на пост президента церковного совета. На этой должности он трудился в течение трех лет. Для прихода это был напряженный период жизни, связанный с подготовительными работами к строительству собственного здания на Среднем проспекте. На долю Юлиуса Ивановича выпало решение многих хозяйственных вопросов, связанных с арендой и эксплуатацией зданий, а также согласование документов по строительству. Передав в 1874 г. бразды правления советом энергичному купцу Якобу Палю, Юлиус Штубендорф продолжал трудиться на благо прихода в качестве рядового члена церковного совета.
Тайный советник и почетный член Русского Географического общества, доктор Юлиус Штубендорф умер 23 июля 1878 г. в Павловске. Похоронен на Волковском лютеранском кладбище на семейном участке. За свою службу он был награжден орденами Св. Анны 1-й степени, Св. Владимира 3-й степени и Св. Станислава 1-й степени.